芦山地震灾区近期频繁出现阵性降雨，特别是在22日夜间至24日，雨势小到中等，这样的天气状况可能会引发一系列次生灾害，如洪涝、山体滑坡和泥石流等。一支由15名精干队员组成的国家地震灾害紧急救援队携带4条搜救犬和部分轻便救生器材，原本计划从芦山县中学出发，乘坐两架直升机奔赴重灾区宝兴县。由于当地正下着雨，能见度极低，直升机无法降落，救援队只得暂时返回芦山县。
中国地质环境监测院也针对当前形势发布了黄、橙、红色地灾预警。红色预警区域包括芦山县的大川镇、太平镇、双石镇、宝盛乡及宝兴县局部山区，这些地区发生崩塌滑坡的可能性非常大。橙色预警则针对芦山县、宝兴县、天全县及雨城区，同样存在发生崩塌滑坡的风险。雅安市中部及北部、甘孜州东南局部地区也需警惕发生崩塌滑坡的可能性。
上海防灾救灾研究所的副所长罗奇峰指出，红色预警区的当地居民应特别警惕泥石流和山体滑坡等自然灾害的发生。考虑到雅安地区的地形特点和降雨量较多的情况，防止泥石流和山体滑坡是防止次生灾害的关键。雅安地区的地质构造容易受雨水冲刷侵蚀，多年来滑坡现象频频发生。雅安素有“雨城”之称，其地形特征是背靠青藏高原，面临四川盆地，使得印度洋的暖湿气流在雅安境内受到青藏高原的阻挡，被迫上升并产生降雨。芦山县地势西北高东南低，地震后土质疏松，更易引发山体滑坡。
雅安地震后，次生灾害已经逐渐显现。据报道，芦山县的宝胜和玉溪河金鸡峡已经形成了堰塞湖，而沫东水库、苗溪水库、天全始阳水库出现裂缝，为确保居民安全，下游人员已组织撤离。国土资源部和中国气象局也发出了警告，芦山、宝兴两县发生崩塌滑坡的风险较高，居民需提高警惕。