针对物流企业的运作现状，物流事务作业部门设立了专门的物流事务运作中心及其下属分支机构，负责在合同签订后执行各项物流事务的详细操作。这些部门产生的组织设置费用以及人员相关费用，都是因运作物流事务所产生的，应被分别计算并归入不同的物流事务成本中。
在制造业中，这些费用通常被归为制造费用，然后通过一定的方法分配到产品的生产成本中。从与物流业紧密相连的交通运输业的成本核算制度和实际操作来看，运输事务成本也包括运输事务运作部门的相关费用。现行的《交通运输企业成本费用核算管理办法》将这些费用先归为营运直接费用，再通过适当的分配方法分配到相关的运输事务成本中。
该办法明确指出，营运直接费用是运输企业在运营过程中产生的不能直接计入运输成本核算对象的各种直接费用。这包括企业各生产单位（如车队、船队、装卸队等）为组织和管理运输生产所产生的运输管理人员的薪酬、员工福利费、折旧费等等。显然，对于物流企业来说，应当设置“营运直接费用”这一科目，用于归集和核算物流事务作业部门产生的组织设置费用以及人员相关费用。
由于物流企业的物流事务多种多样，在实际操作中，对于这些费用的归集和处理需要根据具体情况来进行。根据是否能直接计入某一物流事务成本，物流事务作业部门产生的费用可以分为直接费用和间接费用。
例如，物流企业在承接大型物流事务时，可能会设立分拨中心这一作业部门。这些分拨中心分为总分拨中心和区域分拨中心，前者负责接收客户货物并组织货物从分拨中心发送到区域分拨中心或货物接收方，后者则负责接收总分拨中心的货物并负责组织配送。如果分拨中心只为某一物流事务服务，那么该中心产生的相关费用应作为直接费用计入物流事务成本。反之，如果分拨中心为多个物流事务服务，则其产生的费用应先通过“营运直接费用”科目归集，然后根据适当的分配标准分配到不同的物流事务成本中。
除了分拨中心，物流企业的其他分支机构如运输、装卸、仓储、加工等产生的组织设置费用和人员相关费用，也需要根据实际情况判断其与具体物流事务的关系，然后作为直接费用或间接费用进行归类核算。整体而言，对物流事务成本的准确核算与分类，有助于物流企业更好地掌握运营成本，优化资源配置，提升企业的竞争力。