《新还珠格格》作为琼瑶经典小说的重拍版，分为三部曲，燕儿翩翩飞、风儿阵阵吹、人儿何处归。以下是其引人入胜的主要分集剧情介绍：
第一集中，济南姑娘夏紫薇携丫鬟金锁来到京城寻找多年未见的父亲乾隆。在一次偶然的机会中，她因拦轿而遭到侍卫的殴打，幸运的是，被卖艺的小燕子以及柳青柳红兄妹及时相救。在梁大人的寿宴上，小燕子带着紫薇混入府中，引发了一连串的闹剧。当紫薇的包袱被抢时，小燕子的出手相助让她们结下了深厚的友谊，并一同在大杂院居住。
随着剧情的发展，在第二到三集中，紫薇透露了自己的身世秘密。小燕子为了好友勇闯皇家猎场送信物，却不料被永琪误射受伤。乾隆皇帝因信物误认小燕子为亲生女儿，并将其接入宫中。苏醒后的小燕子虽然贪恋父爱，但未澄相。而紫薇则在宫外为好友的未来感到焦虑和担忧。
进入宫廷后，第四集充满了闹剧与危机。小燕子因误食香枣核攻击容嬷嬷，用膳时因"燕窝"菜名而大闹宫廷。她的种种行为让皇后多次刁难，幸运的是有令妃为她警告皇后的欺君之罪的风险。在御花园，偶遇永琪和班杰明时，小燕子为了销毁证据将画册丢入池塘。
第七到八集则展现了情感的纠葛和真相的揭晓。尔康巧妙地安排紫薇与小燕子相认，小燕子在得知真相后崩溃并坦白误认的经过。紫薇在福家的表现让她与尔康之间的情愫逐渐加深。晴儿在得知紫薇的身世后，选择了成全她与尔康的感情。
到了第三十一集，小燕子因"如人饮水"文章解除了禁足。众人秘密筹备紫薇的生日惊喜会，柳青柳红首次进宫参与。当太后和皇后突袭时，她们惊讶地发现乾隆早已隐藏在场。
最后的第四十一到四十五集，剧情进入了高潮冲突阶段。紫薇为了保护乾隆而被刺客重伤；永琪被迫与欣荣成婚，让小燕子情感受挫；后续的剧情还涉及晴儿被救、班杰明退出三角关系等支线故事。
全剧共98集，通过描绘两位格格在宫廷生活中的碰撞，展现了爱情、亲情与友情的纠葛。每一集都充满了戏剧性和情感冲突，让观众们沉浸其中，感受这段动人的故事。