一、性质差异
京东物流，作为一体化供应链解决方案的提供者，涵盖了众多分类，为商家提供全方位的服务。从仓储、运输、配送到客服和售后，京东物流都一应俱全。它还提供了如快递、快运、大件物流、冷链物流、跨境物流以及物流科技等多元化的产品和服务。京东物流还包括物流云、物流科技、物流数据以及云仓等科技元素的加持。
京东快递，则是京东物流体系中的一项服务。京东拥有中国电商领域规模最大的物流基础设施，无论是中小件还是大件商品，或是冷藏冷冻的货物，都能得到一体化的仓配物流服务。
二、运作模式的不同
京东物流的核心在于其全供应链服务模式以及供应链技术平台的建设。为了实现全供应链的无缝对接，京东物流采用“双24小时”和“双48小时”的策略，产销全链打通，同时连接国内与国际市场。
京东快递则采用不同的运作模式，如FBP模式，由京东全权负责采购和销售；LBP模式，卖家无需将产品入库，用户下单后由第三方卖家发货至京东分拣中心，并由京东提供发票；SOPL模式，商品不进入仓库，由第三方卖家发货至京东分拣中心，但发票由商家自行开具；还有SOP模式，商家直接发货给顾客并自行开具发票。
三、物流系统发展历程的差异化
京东物流于2012年正式注册成立公司，到2017年4月25日，京东物流集团正式成立。虽然历史不长，但发展迅猛。
回溯至2007年，京东就开始构建自家的物流系统，为后续的京东快递及其他物流服务打下了坚实的基础。