一、性质差异
京东物流，作为一个全方位的供应链解决方案提供商，为商家提供仓储、运输、配送、客服以及售后的正逆向一体化服务。其物流产品涵盖了快递、快运、大件物品、冷链物流、跨境物流，以及全方位的客服与售后支持。除此之外，京东物流还提供了物流云、物流科技、物流数据以及云仓等先进的科技产品。
而京东快递，则是京东物流体系中的一项服务。京东拥有中国电商领域规模最大的物流基础设施，无论是中小件还是大件物品，或是冷藏冷冻商品，都能实现仓配一体化的物流服务。
二、运作模式不同
京东物流的两大特色在于提供全供应链服务，并致力于建立供应链技术渠道。为了实现全供应链服务的无缝对接，京东物流将依托其“双24小时”和“双48小时”的服务体系，打通产销全链，并实现国内国际双通。
京东快递则采用不同的运作模式，包括FBP模式，即京东全权负责收购和出售；LBP模式，在此模式下，产品无需入库，用户下单后，由第三方卖家发货至京东分拣中心，并由京东提供开发票服务；SOPL模式，也是产品无需入库，但开发票的工作由商家负责；以及SOP模式，商家直接发货并开发票给顾客。
三、物流系统建设时间不同
京东物流于2012年正式注册，至2017年4月25日，京东物流集团正式成立。而在更早的2007年，京东就已经开始构建其自营的物流系统。